วัดพระเจ้าล้านทอง สร้างขึ้นในสมัยพระเจ้าทองงัวหรือทองวัว ราชบุตรของพระเจ้าติโลกราช เมื่อ พ.ศ. 2032 (จุลศักราช 351) ตามที่ปรากฏในตำนานโยนกว่า
เมื่อปี พ.ศ. 2030 (จ.ศ.849 ปีมะแม นพศก) เจ้าสุวรรณคำล้านนา เจ้าผู้ครองเมืองเชียงแสน ถึงแก่พิราลัยพระเจ้าเชียงใหม่ (พระยอดเชียงราย พระราชนัดดาของพระเจ้าติโลกราช ได้ขึ้นครองราชสมบัติสืบต่อจากพระเจ้าติโลกราชแทนพ่อท้าวบุญเรือง ราชโอรสของพระเจ้าติโลกราช เจ้าทองวัวเป็นราชบุตรที่เกิดจากพระสนมจึงมิได้สืบสันติวงศ์ เห็นว่าเมืองเชียงแสนเป็นหัวเมืองสำคัญฝ่ายเหนือ จึงได้สถาปนาให้พระเจ้าทองวัว ซึ่งมีตำแหน่งเป็นเจ้าหมื่นวัว ไปครองเมืองเชียงแสนเจ้าหมื่นวัวได้ทรงน้ำมุรธาภิเศกที่เมืองเชียงสน เมื่อวันพุธขึ้น 7 ค่ำ เดือนยี่เหนือ (เดือน 1 ) ปี พ.ศ. 2032 (จ.ศ. 851) เฉลิมพระอภิชัยว่า “พระยาศิริราชเงินกอง” เมื่อได้ครองเมืองเชียงแสนแล้ว ท่านได้สร้างพระอารามขึ้นแห่งหนึ่งท่ามกลางเมืองเชียงแสน สร้างวิหารกว้าง 5 วา ยาว 9 วา เจดีย์กว้าง 3 วา สูง 7 วา หล่อพระพุทธปฏิมากรองค์หนึ่ง ด้วยทองปัญจะโลหะ หน้าตึกกว้าง 4 ศอก 2 กำมือ หนักล้านทอง (10 หาบ หรือ พันชั่ง) เมื่อหล่อเสร็จแล้ว จึงทรงเรียกว่า “พระเจ้าล้านทอง” และวัดแห่งนี้เลยเรียกว่า “วัดพระเจ้าล้านทอง” ดังปรากฏอยู่ตราบเท่าทุกวันนี้
